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單細胞RNA測序來生成預(yù)測性細胞類型特異性分裂,PCR-Clean助力科研

更新時間:2023-08-04  |  點擊率:459

細胞類型特異性工具有助于識別和功能表征不同的細胞類型,形成復(fù)雜的神經(jīng)元回路。果蠅現(xiàn)有的大量遺傳工具依賴于增強子活性來標記不同的細胞亞群,并且在分析成人的功能回路方面非常有用。

 

德國MB公司的PCR Clean,清除分子實驗過程中的DNARNA、DNA酶、RNA酶污染。

 

然而,這些基于增強子的GAL4系通常不能反映附近基因的表達,因為它們只代表了全部基因調(diào)控元件的一小部分。雖然諸如分裂- gal4系統(tǒng)等基因交叉技術(shù)進一步提高了細胞類型特異性,但它需要大量的時間和資源來通過增強子表達模式的組合進行篩選。

 

近日,研究人員使用現(xiàn)有的發(fā)育單細胞RNA測序(scRNAseq)數(shù)據(jù)集來選擇分裂- gal4的基因?qū)?,并提供一個高效和預(yù)測的管道(scMarco)來生成細胞類型特異性的分裂- gal4系,在任何時候在發(fā)育過程中,基于天然基因調(diào)控元件。這些基因特異性的分裂- gal4系可以從大量編碼內(nèi)含子MiMIC/CRIMIC系或CRISPR敲入中產(chǎn)生。我們使用發(fā)育中的果蠅視覺系統(tǒng)作為模型來證明scRNAseq引導(dǎo)的基因特異性分裂- gal4系在靶向已知細胞類型、注釋scRNAseq數(shù)據(jù)集中的簇以及識別新細胞類型方面的高預(yù)測能力。

 

最后,基因特異性分裂- gal4系廣泛適用于任何其他果蠅組織。研究人員的工作為生成細胞類型特異性工具開辟了新的途徑,用于在整個發(fā)育過程中靶向操縱不同的細胞類型,并為果蠅社區(qū)提供了寶貴的資源。


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